По оценкам специалистов, в ходе реформирования Вооруженных сил при Сердюкове медицинская служба подверглась самым радикальным преобразованиям из всех ведомственных служб и управлений. В 2009 г. офицерский состав военных медиков был сокращен почти в три раза: с примерно 16 тыс. человек до 5 тыс. человек, а гражданский персонал - с 145 тыс. до 90 тыс. человек. Кроме того, были ликвидированы 32 госпиталя в военных гарнизонах и десятки военных поликлиник в различных регионах России. В течение 2010 г. по решению бывшего министра обороны были также ликвидированы четыре вуза, где велась подготовка военных медиков.
За короткий период приказами экс-министра обороны смещены четыре начальника ГВМУ, а бывший начальник Военно-медицинской академии имени Кирова и начальник ГВМУ генерал-майор медслужбы Александр Белевитин за коррупционные проявления осужден военным судом на восемь лет и сейчас находится в местах лишения свободы.